电子显微镜和普通光学显微镜在Zemax上设计的区别主要体现在以下几个方面：
1. 光线传输模型：普通光学显微镜使用几何光学模型，而电子显微镜使用电子光学模型。在Zemax中，普通光学显微镜可以使用测距法和透明度法来模拟光线传输，而电子显微镜则会涉及到电子束的传输、散射等更复杂的过程。
2. 光学元件：普通光学显微镜主要包括物镜、目镜、补偿镜等光学元件，而电子显微镜则包括电子透镜、电子源等电子光学元件。在Zemax中，普通光学显微镜可以选择已有的光学元件进行组合，而电子显微镜需要根据电子光学原理自行设计电子透镜等元件。
3. 数据采集和处理：普通光学显微镜主要通过光学传感器采集图像，并通过软件进行图像处理和分析。而电子显微镜则是通过电子束扫描样品，通过捕捉反射电子和散射电子等数据来获取图像。在Zemax中，普通光学显微镜可以直接采用光学传感器进行数据采集，而电子显微镜需要根据电子束的物理特性来模拟数据采集和处理过程。
总的来说，电子显微镜和普通光学显微镜在Zemax上设计的区别主要在于光线传输模型、光学元件选择和数据采集处理等方面。由于电子显微镜涉及到更复杂的电子光学原理，因此在Zemax中需要更多的自定义设计和模拟过程。
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